En dicho informe se llama la atención en la persistencia de las altas tasas de congestión del Sistema Penal, que para la primera fase de implementación es de 70.6% y para la segunda de 91%, La mayor congestión se encuentra en la etapa de indagación a cargo de la Fiscalía General de la Nación.
El principio de oportunidad, una herramienta de la Fiscalía y de la política criminal sigue aplicándose de manera muy esporádica. En la fase 1 en el 2.5% de casos, en la fase 2 el 1.5% y en la fase 3 solo el 0.5%