El hecho de que el Ministerio Público pueda insistir a lo largo del proceso en hacer valer unos puntos de vista diversos de los de la Fiscalía o la misma defensa (eso sería una característica de su autonomía dentro del proceso), puede llevar en la práctica a que a través de sus solicitudes de pruebas, de su participación en la práctica de las mismas o de su intervención en la audiencia de juzgamiento terminen entorpeciendo la actividad de unos Fiscales o Defensores que han construido su teoría del caso sobre supuestos diversos de los asumidos por el Ministerio Público y que, incluso, pueden ser radicalmente incompatibles con los de éste último.
Así pues, los funcionarios que actualmente cumplen con el papel del Ministerio Público, y de los cuales es reconocida su buena preparación en el Sistema Penal Acusatorio, podrían entrar a fortalecer la planta de la Fiscalía General de la Nación- entidad que actualmente cuenta con cargas laborales por fiscal que pueden alcanzar los 800 procesos o fungir como jueces; pues ante un fortalecimiento en la capacidad de la evacuación del ente acusador, es esperable una mayor demanda de audiencias de garantías y de conocimiento.
Cabe recordar que la intervención de Ministerio Público fue objeto de críticas desde la génesis del sistema penal acusatorio y que desde ese momento han sido varias las voces que han insistido en su supresión del proceso. En efecto, ésta fue una de las propuestas del anteproyecto de reforma a la justicia que elaboró el Gobierno Nacional en 2011, pero que no llegó a ser incluida en el proyecto de Acto Legislativo que finalmente se radicó en el Congreso.
La CEJ considera que la coyuntura actual, en la que se demanda la revisión de las funciones de la Procuraduría y en la que se han reactivado los debates sobre la reforma constitucional a la justicia permiten reabrir el debate sobre este importante asunto.
