Entre los investigados están el general Rozo José Serrano, quien según Mancuso, habría participado en acciones conjuntas con las Auc y también brindó protección a Carlos Castaño y a Rodrigo Tovar; igualmente general Rito Alejo del Río, quien es mencionado en cuatro hechos violentos; general Carlos Alberto Ospina, ex comandante de las Fuerzas Militares.
Otros nombres de generales del Ejército son Julio Charri Solano, Martín Orlando Carreño (fallecido), Ivan Ramírez Quintero, Alfonso Manosalva, el almirante Rodrigo Quiñonez y el general de la Policía Jesús Antonio Gómez Méndez.